“كودو شينيشي”، طالب في المدرسة الثانوية يتمتع بموهبة مذهلة في العمل كمحقق، ويشتهر بحله للعديد من القضايا الصعبة. في أحد الأيام، عندما اكتشف “شينيشي” رجلين مشبوهين وقرر ملاحقتهما، أصبح شاهدًا عن غير قصد على نشاط غير قانوني مربِك. لسوء الحظ، تم القبض عليه، لذلك قام الرجال بإعطاءه عقار تجريبي صنعته منظمتهم الإجرامية، وتركوه ليموت. ولكن ما حدث، أن “شينيشي” يعيش، ولكن الآن في جسد طفل يبلغ من العمر سبع سنوات. مع بقاء ذكائه الأصلي كما كان، يخفي هويته الحقيقية عن الجميع، بما في ذلك صديقة طفولته “موري ران” ووالدها المحقق الخاص “موري كوغورو”. ولهذا، يأخذ الاسم المستعار “إيدوغاوا كونان”، مستوحى من الكاتبين “آرثر كونان دويل” و“رانبو إيدوغاوا”. يتبع الانمي “شينيشي” بصفته “كونان”، يبدأ سرًا في حل قضايا “كوغورو” من خلف الستار بمهاراته التي لا تزال استثنائية. هذا بينما يحقق سرًا في المنظمة المسؤولة عن وضعه الحالي، على أمل أن يتم عكس آثار العقار يومًا ما.